Кроме изучения отдельных видов кишечной микрофлоры, в последние годы многие исследователи изучают бактериальный метагеном — совокупность генов всех микроорганизмов в пробе содержимого человеческого кишечника (или, например, в смыве с кожи, или в пробе ила с морского дна).
Для этой цели используют самые автоматизированные, компьютеризированные и высокопроизводительные технологии секвенирования ДНК, дающие возможность анализировать короткие последовательности нуклеотидов, собирать головоломку по нескольким совпадающим «буквам» на концах этих участков, многократно повторять эту процедуру для каждого кусочка генома и получать расшифровку отдельных генов и хромосом со скоростью до 14 миллионов нуклеотидов в час — на порядки быстрее, чем это делалось всего несколько лет назад. Так, было установлено, что микробиота кишечника насчитывает примерно 100 триллионов бактериальных клеток — примерно в десять раз больше, чем общее число клеток человеческого тела.
Набор генов, входящих в состав бактериального метагенома, примерно в сотню раз превышает набор генов человеческого организма. Если говорить об объеме биохимических реакций, протекающих внутри микробной популяции, он опять же многократно превышает объем биохимических реакций в организме человека.
Бактериальный «реактор» реализует в организме хозяина метаболические цепочки, которые тот не способен поддерживать сам — например, синтез витаминов и их предшественников, разложение некоторых токсинов, разложение целлюлозы до усвояемых полисахаридов (у жвачных животных) и т. д.
