Почва является средой обитания микроорганизмов. Они находят в почве все условия, необходимые для своего развития: пищу, влагу и защиту от губительного влияния прямых солнечных лучей и высушивания.
Количественный и качественный состав микрофлоры различных почв значительно колеблется .в зависимости от химического состава почвы, ее физических свойств, реакции, влагоемкости, степени аэрации. Существенно влияют также климатические условия, время года, способы сельскохозяйственной обработки почвы, характер растительного покрова и многие другие факторы.
Неодинаково распространены микроорганизмы и по горизонтам почвы. Меньше всего их содержится обычно в самом поверхностном, толщиной в несколько миллиметров, слое, где микроорганизмы подвергаются неблагоприятному воздействию солнечного света и высушивания.
Особенно обильно населен следующий слой почвы, толщиной до 5 см.. По мере углубления число микроорганизмов падает. На глубине 25 см, количество их в 10—20 раз меньше, чем в поверхностном слое толщиной 1—2 см, (по данным А. С. Разумова). Меняется с глубиной и состав микрофлоры. В верхних слоях почвы, содержащих много остатков животных и растений, а также подвергающихся хорошей аэрации, преобладают аэробные сапрофитные организмы, способные расщеплять сложные органические соединения. Чем глубже почвенные слои, тем беднее они органическими веществами; доступ воздуха в них затруднен, поэтому здесь преобладают анаэробные бактерии.
Количество бактерий в почве измеряется сотнями и тысячами. Микрофлора почвы представлена разнообразными видами бактерий, актиномицетов, грибов, водорослей и простейших животных. К постоянным обитателям почвы относятся различные спороносные бактерии. Из аэробов чаще встречаются Bacillus mycoides, В. mesentericus, В. megatherium, из анаэробов Clostridium sporogenes, С. perfringens, С. putrificum.
В почве находятся также бактерии маслянокислые, разлагающие клетчатку, нитрифицирующие, денитрифицирующие, азотфиксирующие. Наряду с обычными обитателями почвы могут встречаться и болезнетворные микроорганизмы, преимущественно спорообразующие бактерии, например возбудители столбняка, газовой гангрены, ботулизма и др. Поэтому загрязнение почвой пищевых продуктов представляет опасность.
Патогенные бесспоровые бактерии (например, брюшнотифозные, дизентерийные) сохраняются в почве сравнительно недолго (недели, месяцы), а споры бактерий — годами.
При санитарной оценке почвы критерием служит титр кишечной палочки и количество сапрофитных бактерий. Имеет значение и определение С. perfringens и энтерококков.
В почве одновременно с минерализацией органических веществ происходят процессы бактериального самоочищения — отмирание несвойственных почве сапрофитных и патогенных бактерий.
Деятельность почвенных микроорганизмов играет большую роль в формировании почвы, создании ее плодородия. Особо важное значение имеют микроорганизмы, фиксирующие свободный азот, и те, которые переводят соединения углерода, азота, фосфора и других элементов из недоступных для растений форм в усвояемые ими вещества. Различные микроорганизмы, последовательно сменяя друг друга, осуществляют грандиозную работу по минерализации попадающих в почву разнообразных органических веществ, что обусловливает круговорот веществ в природе.
